Bệnh viện Quận 4 được thành lập vào ngày 13 tháng 4 năm 2007, chính thức hoạt động vào tháng 7 năm 2007 sau khi tách từ Trung tâm Y Tế Quận 4. Tháng 4 năm 2014, bệnh viện được nâng từ bệnh viện Hạng III thành bệnh viện Hạng II theo Quyết định số 1900/QĐ-UBND ngày 17 tháng 4 năm 2014 của Ủy ban nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh.
Bệnh viện Quận 4 với chức năng nhiệm vụ là bệnh viện Hạng II theo Quyết định số 1900/QĐ-UBND ngày 17 tháng 4 năm 2014 của Ủy ban nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh về việc Xếp hạng Bệnh viện Quận 4 trực thuộc Ủy ban nhân dân Quận 4.