Được thành lập từ năm 2007, Khoa Y học cổ truyền là một trong những khoa lâm sàng của Bệnh viện Quận 4, sẵn sàng tiếp nhận khám, điều trị nội trú, ngoại trú bằng các phương pháp dùng thuốc, không dùng thuốc y học cổ truyền cho tất cả các bệnh nhân có và không có Bảo hiểm y tế trên địa bàn Quận 4 và các Quận lân cận.